Sistema de gestión ambiental (SAR)
Para el proyecto Tren Maya fue necesario identificar que porcentaje de los ecosistemas y su biodiversidad pueden ser afectados por las actividades de rehabilitación de las vías férreas actuales y la apertura de nuevas, además de conocer que procesos biológicos, geofísicos, hidrológicos, climáticos pueden ser comprometidos por las actividades; así como las relaciones socioculturales que podrían verse alteradas por el proyecto
Para ello en la Manifestación de impacto ambiental delimitó el sistema ambiental regional SAR, una región a lo largo y ancho del trazo original de la vía ferroviaria, donde se analizaron los efectos que tendrán las actividades de rehabilitación de la vía férrea y la construcción de nuevas.
El SAR es conjunto de factores socioambientales de la región donde sus interacciones dependen de la estructura y funcionamiento de uno o más componentes que lo conforman dependiendo de la magnitud temporal y tipo de actividad del proyecto. Para su delimitación se consideraron criterios bioclimáticos, edáficos, topográficos e hidrológicos.

En todo el SAR se encuentran 42 municipio. En el tramo de yucatán es donde se encuentra el mayor número con 32.
La superficie de cada estado es la siguiente:
- Yucatán
- Campeche
- Chiapas
- Tabasco

En Yucatán # núcleos agrarios estarán presentes
Zona de influencia Directa e indirecta
El área de influencia directa es una superficie de amortiguamientos de 30 m alrededor del trazo correspondiente al derecho de vía. Esta superficie es 4 veces más grande que lo recomendado (7 m), donde el umbral de disturbio es significativo para la vida silvestre.
El área de influencia indirecta también es una zona de amortiguamiento pero de 300 m al rededor del trazo. Su ..